Comment créer un projet#
Pour creer un projet, les étapes à suivre sont :
Créer le dossier projet et son arborecence
mkdir -p demo-projet/{data,scripts}
*note : “-p” permet de creer des sous-dossier et “{}” permet de créer plusieurs sous-dossier. Attention pas d’espace après les virgules.
Créer un environement
L’environnement peut être crée à partir de mamba ou de conda. Pour la suite, nous montrons en ligne comment creer un environement conda à partir d’un fichier “environment.yml” Un fichier environment.yml doit préciser “name”, “channels” , “dependencies” et “pip” pour ce qui est installé via pip.
cat > environment.yml <<'YAML'
name: demo-project
channels:
conda-forge
dependencies:
- python=3.11
- numpy
- pandas
- scikit-image
- opencv
- matplotlib
- jupyterlab
- ipykernel
- pip
- pip:
- tqdm
YAML
Pour vérifier le contenu
cat environment.yml
ensuite pour creer l’environnement conda à partir du fichier environment.yml
conda env create -f enironment.yml
Puis il suffit d’activer l’environnement :
conda activate demo-project
Télécharger les données
Exemple de téléchargement de données :
mkdir -p data/ctc
wget -O data/ctc/Fluo-N2DL-HeLa.zip \
https://data.celltrackingchallenge.net/training-datasets/Fluo-N2DL-HeLa.zip
unzip -q data/ctc/Fluo-N2DL-HeLa.zip -d data/ctc