Bases de données ouvertes utiles#
Ce document répertorie des bases de données ouvertes disponibles en téléchargement, utiles pour s’entrainer à l’analyse d’image propres au métier de bio-informaticien·ne. Les bases de données sont classées selon le type d’image.
Segmentation cellulaire :#
Microcopie optique#
IDR (Image Data Ressource)#
Grande base contenant des images de microscopie optique multi-modalités (fluorescence, confocale, super-résolution, light-sheet, etc.) avec accès via FTP/Globus ou OMERO API
Morphologie neuronale#
NeuroMorpho.Org : C’est la plus grande base de reconstructions neuronales 3D au format SWC, issue de multiples espèces, régions, types cellulaires et contextes pathologiques (ex : hétérotopie, épilepsie). On peut filtrer selon espèce, structure, expérience, puis télécharger des lots de SWC pour analyse automatique.
Sources :
BrainAtlas, Allen Brain Atlas, ou MouseLight : D’autres bases, complémentaires, mais NeuroMorpho reste la référence pour le format standardisé SWC.
Broad Institute https://bbbc.broadinstitute.org/BBBC001
Données associées à des publications récentes : Chercher des études sur l’hétérotopie (cf. articles sur GMH, Eml1/RhoA mutants…) qui déposent leurs reconstructions SWC en annexe ou via NeuroMorpho (souvent cité dans la section « Data Availability » des papiers).